在前作《創(chuàng)圣大天使》中，故事設定在創(chuàng)圣紀0011年，地球上的人類由于11年前的大異變而失去了三分之二的人口。南極冰層溶化使得被認為1萬2千年前已滅亡的“墮天翅族”亞特蘭蒂亞復蘇，他們將生物機械兵器