這是一段攻殼機(jī)動(dòng)隊(duì)成立前夕鮮為人知而又影響深遠(yuǎn)的故事。2027年6月6日的一天，隸屬陸軍機(jī)密部隊(duì)501機(jī)關(guān)的真室中佐（宮內(nèi)敦士 配音）在鬧市街頭被人殺害，此前他曾陷入軍火買賣的賄賂丑聞不得脫身，他

現(xiàn)為公安九課少校的草薙素子（坂本真綾 配音），按照課長荒卷大輔（塾一久 配音）的指示外出調(diào)查運(yùn)輸機(jī)被神秘并機(jī)的事件。結(jié)果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率領(lǐng)的武裝分子的襲擊。與此同時(shí)，遍布全國的交