小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過的寶可夢們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無法分開，奇妙的故事就此

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在劇場版動畫「艦隊Collection」的官網(wǎng)上，公開了一段特報視頻。在這段45秒的視頻之中，收錄了艦?zāi)飩儜?zhàn)斗的場面，TV版登場的吹雪、睦月、夕立之外，鳥海、加古等也一并登場.