電影在法國開始，反派和空中都市的王子（諏訪部順一配音）帶著嬰兒在一架飛艇上，空賊潛入飛艇把嬰兒劫走，魯邦三世半路殺出奪寶?！　∩倥召\尤緹卡（石川由依配音）阻攔不成反被襲胸，惱羞成怒之際扇了魯邦一

晴朗時節(jié)，江戶川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小蘭（山崎和佳奈 配音）以及少年偵探團的伙伴們一同來到京都，他們即將登上自衛(wèi)隊的宙斯盾戰(zhàn)艦，體驗一把出海作戰(zhàn)的感覺，期間還結識了美麗