生于大海，守護大海，去往大?！?br/>　　那就是藍(lán)色人魚！
　　憧憬著守護海洋安全的職業(yè)“藍(lán)色人魚”進入橫須賀女子海洋學(xué)校的岬明乃，被任命為航洋艦“晴風(fēng)”的艦長，和同班的成員一同參加海洋實習(xí)。
　　本應(yīng)是驅(qū)動艦船前往目的地的安全航海，但等待著她們的卻是接連不斷的危機。來自教員艦突然的發(fā)炮、與失控的其他學(xué)生艦的戰(zhàn)斗、救難船的救護活動等等，她們歷經(jīng)千辛萬苦地跨越了這種種困難，終于平安返回陸地，成員之間也由此結(jié)下了牢固的牽絆。
　　騷動后過了1個月，正在享受考試假期的晴風(fēng)成員遭遇了新的危機——晴風(fēng)班將面臨解體。晴風(fēng)成員在大為動搖的同時，再度團結(jié)一致，最終阻止了班級的解體，更進一步加深了牽絆。
　　之后，晴風(fēng)解體危機之后3個月——
　　在橫須賀舉辦了包括吳、舞鶴、佐世保在內(nèi)的全體女子海洋學(xué)校學(xué)生齊聚一堂、開展文化祭與體育祭的“競斗游戲會”，明乃等晴風(fēng)班成員也為了準(zhǔn)備歡迎祭而忙成一團。
　　大和、信濃、紀(jì)伊等超大型艦的班級也都前來集會，就在各種各樣的演出與競技正火熱的時候，新的“危機”正向她們逼近……！