在參拜母親墳?zāi)沟幕爻掏局?，真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關(guān)鍵時刻2號機(jī)勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結(jié)識了2號機(jī)的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優(yōu)子 配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同，明日香自信張揚(yáng)，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子里，彼此鬧出不少的笑話。他們?nèi)朔謩e駕駛著零號機(jī)、初號機(jī)和2號機(jī)，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗……
　　本片為福音戰(zhàn)士新劇場版四部曲第二部。