戰(zhàn)后復(fù)興的東京，、少年偵探金田正太郎和他的“鐵人28號(hào)”一起解決了一個(gè)接著一個(gè)的困難事件。但是在戰(zhàn)爭(zhēng)中行蹤不明的正太郎的哥哥出現(xiàn)在了正太郎面前。（正太郎的哥哥也叫正太郎，故下面用SHOUTAROU代替）。為了戰(zhàn)爭(zhēng)而接受鐵人操控訓(xùn)練后返回日本的SHOUTAROU卻得知了博士的遺言為“將鐵人留給弟弟正太郎”。而現(xiàn)在的日本也已恢復(fù)了和平，他的存在似乎變得毫無價(jià)值。但SHOUTAROU還是接受了這個(gè)現(xiàn)實(shí)，并向弟弟正太郎傳授鐵人的操縱技術(shù)。與此同時(shí)，東京埋藏著“廢墟彈”的事實(shí)也被暴露了出來，那是鐵人28號(hào)的開發(fā)者金田博士研制出來的最終兵器。如果這個(gè)武器爆炸的話，東京將化為一片灰燼。SHOUTAROU傳達(dá)了金田博士的另一個(gè)遺言：廢墟彈的所在地只有鐵人才知道……。                                    
                               于是正太郎一行人開始積極準(zhǔn)備廢墟彈的回收處理工作。但卻突然出現(xiàn)了一個(gè)名叫“白晝的殘?jiān)隆钡膹?fù)員兵人。他指責(zé)正太郎沒有持有鐵人的資格，并不斷的企圖殺死正太郎，干擾回收工作。                                    
                               現(xiàn)在，被鐵人和廢墟彈掩蓋起來的可怕事實(shí)正在慢慢變得清晰……